Software de facturación Verifactu para fisioterapeutas y sanitarios autónomos
Si eres fisioterapeuta autónomo, tu facturación no se parece a la de casi ningún otro profesional. Un lunes emites una factura exenta de IVA por una sesión de rehabilitación post-operatoria; el martes, otra con IVA al 21% por un masaje deportivo de mantenimiento; el miércoles, una factura mensual a una mutua con el desglose de 47 sesiones a 12 euros cada una, identificadas por paciente, póliza y código de tratamiento. Y ahora, además, necesitas que el software que gestiona todo esto sea conforme con Verifactu.
Los autónomos deben tener operativos sistemas informáticos de facturación conformes con Verifactu antes del 1 de julio de 2027, tras el aplazamiento del RD-ley 15/2025. El sistema debe garantizar la integridad, conservación, accesibilidad, legibilidad, trazabilidad e inalterabilidad de los registros de facturación, ya sea en modo Verifactu (remitiendo cada registro a la AEAT al emitir) o en modo no Verifactu (conservando los registros con firma electrónica y registro de eventos).
La tenencia de software no conforme puede acarrear sanciones de hasta 50.000 euros por ejercicio según el artículo 201 bis de la Ley General Tributaria. No se sanciona al autónomo por facturar mal, sino por usar o tener un sistema informático que no cumple los requisitos del reglamento.
Las facturas con IVA exento también entran dentro de Verifactu. Que tu servicio esté exento de IVA no significa que la factura quede fuera de los requisitos de trazabilidad y registro. Cada factura, exenta o no, debe generar su registro con huella digital.
El IVA exento sanitario: qué entra y qué no
La exención de IVA que aplica a los fisioterapeutas viene del artículo 20.Uno.3 de la Ley del IVA: están exentas las prestaciones de asistencia sanitaria realizadas por profesionales con titulación habilitante cuando tienen finalidad terapéutica (diagnóstico, prevención o tratamiento de enfermedades). Las dos condiciones deben darse juntas: titulación de fisioterapia con colegiación activa y finalidad terapéutica del servicio concreto.
Esto cubre la rehabilitación post-operatoria, el tratamiento de lesiones musculoesqueléticas diagnosticadas (hernias, tendinitis, escoliosis), la fisioterapia neurológica, respiratoria, pediátrica con prescripción y el tratamiento en embarazo y post-parto con seguimiento clínico.
Pero la exención no cubre todo lo que hace un fisioterapeuta. Cuando el servicio no va dirigido a tratar una patología o lesión, la AEAT lo considera bienestar, y tributa al 21%. Esto incluye masajes deportivos de mantenimiento sin lesión activa, masajes de relajación o descontracturantes sin proceso clínico, sesiones de bienestar postural preventivo no vinculadas a tratamiento, e informes periciales. Un aspecto que genera confusión constante es la zona gris de las lesiones deportivas sin derivación médica: un corredor con tendinitis rotuliana que no ha pasado por el médico. La ley no exige volante médico como tal, pero tener documentada la finalidad terapéutica (historial, diagnóstico funcional) protege ante una inspección.
La consecuencia práctica para el software es clara: necesitas poder emitir facturas exentas y facturas con IVA al 21% desde la misma herramienta, sin que el tipo se aplique en bloque. Aplicar la exención por defecto a todos los servicios, como hacen muchos fisios, es un error que puede acabar en regularización.
La exención de IVA sanitario es contexto fiscal general. Consulta con tu asesor fiscal para tu caso concreto.
Facturar a mutuas y aseguradoras: el otro frente
Muchos fisioterapeutas trabajan simultáneamente con pacientes particulares y con mutuas (Adeslas, Sanitas, ASISA, DKV, Cigna, MUFACE). La facturación a mutuas funciona como tercero pagador: no cobras al paciente, sino a la aseguradora, con una factura mensual que desglosa cada sesión realizada con datos del paciente, número de póliza, códigos de tratamiento y fechas.
Las tarifas de mutuas oscilan entre 8 y 25 euros por sesión, frente a los 30-65 euros de precio privado. El cobro tarda entre 30 y 90 días. Si trabajas con tres o cuatro mutuas a la vez, cada una con su sistema de codificación y sus requisitos documentales, la carga administrativa se come horas cada mes. Errores en un número de póliza o en un código de tratamiento retrasan el pago otros 30 días.
Un software útil para este perfil debe facilitar la facturación a terceros pagadores con campos específicos (paciente, póliza, sesiones) y la conciliación de cobros diferidos. Si además gestiona bonos de sesiones prepagados para pacientes particulares (10 sesiones de rehabilitación pagadas por adelantado, por ejemplo), cubre los dos canales de ingreso del fisioterapeuta.
A esto se suma el IRPF: cuando facturas directamente al paciente particular, no hay retención. Cuando facturas a una clínica, mutua o empresa, aplica retención del 15% (7% los tres primeros años de actividad). Dos tipos de factura en paralelo con tratamiento fiscal distinto.
Qué criterios importan más al fisioterapeuta
- Conformidad con Verifactu — Imprescindible. Las facturas exentas de IVA también deben cumplir los requisitos de registro. Si el software no se adapta antes de julio de 2027, hay que cambiar.
- Precio — Con muchas facturas pequeñas (sesiones de 30-50 euros) y márgenes ajustados por las tarifas de mutuas, pagar más de 15 euros/mes por el software debe justificarse con funcionalidades reales.
- Migración desde Excel — Muchos fisioterapeutas gestionan sus pacientes y facturas en hojas de cálculo. Importar la base de datos de pacientes y las series de facturación existentes facilita la transición.
- Acceso móvil — Útil para los que hacen fisioterapia a domicilio y necesitan emitir la factura al terminar la sesión. La mayoría, sin embargo, factura desde la consulta.
- Facturación intracomunitaria — Irrelevante para la mayoría. La clientela es local.
- Módulos — Los fisioterapeutas tributan por estimación directa (epígrafe IAE 761). Módulos no aplica.
Tres herramientas del catálogo y cómo encajan
Quipu (~14 euros/mes plan Starter)
Quipu permite crear facturas con líneas de concepto libres, lo que facilita separar servicios exentos de IVA de los gravados al 21% en el mismo periodo. Su app móvil cubre la facturación a domicilio. La importación de datos de clientes y la gestión automática del IRPF según tipo de destinatario (particular vs empresa/mutua) son ventajas prácticas para el fisioterapeuta que maneja los dos canales de cobro. Es conforme con Verifactu mediante la declaración responsable del fabricante.
Billin (~6,60 euros/mes plan Básico)
La opción más económica del catálogo. Para un fisioterapeuta con volumen medio de pacientes particulares, el plan básico cubre la emisión de facturas exentas y con IVA, importación de datos y app móvil. No soporta facturación intracomunitaria, lo que no es un problema para este perfil. El punto a evaluar es si la facturación a terceros pagadores (mutuas) se gestiona con suficiente detalle — conviene probarlo antes de migrar toda la actividad. Es conforme con Verifactu mediante la declaración responsable del fabricante (software de TeamSystem conectado a la AEAT).
Contasimple (Gratis + ~10,95 euros/mes plan Profesional)
Contasimple tiene un plan gratuito limitado que permite empezar sin coste y escalar. Es el único del catálogo con soporte de módulos, pero eso no aplica aquí. Su ventaja para el fisioterapeuta es el precio de entrada y la app móvil. No soporta facturación intracomunitaria ni importación de datos, lo que significa migrar pacientes a mano. No tiene programa de afiliado; lo incluimos como referencia editorial. Es conforme con Verifactu mediante la declaración responsable del fabricante (versión Verifactu Ready de Cegid Contasimple).
Preguntas frecuentes
¿Las facturas exentas de IVA también deben cumplir con Verifactu?
Sí. El reglamento Verifactu se aplica a todos los registros de facturación, independientemente de si la operación está exenta, sujeta o no sujeta a IVA. Una factura de rehabilitación post-operatoria exenta de IVA debe generar su registro con huella digital, código QR y cumplir los requisitos de trazabilidad e inalterabilidad exactamente igual que una factura con IVA al 21%.
¿Cómo distingo si un servicio va exento de IVA o con el 21%?
La pregunta clave es: ¿hay una patología o lesión que estás tratando? Si la sesión tiene finalidad terapéutica documentable (rehabilitación, tratamiento de lesión diagnosticada, fisioterapia neurológica o respiratoria), aplica la exención. Si es mantenimiento deportivo sin lesión activa, masaje de relajación o bienestar postural preventivo, tributa al 21%. En las zonas grises (lesión deportiva sin derivación médica), documenta el historial clínico del paciente y consulta con tu asesor fiscal.
¿Cómo facturo las sesiones a mutuas y aseguradoras?
La factura a la mutua va como tercero pagador: el destinatario es la aseguradora, no el paciente. Incluye el desglose de sesiones con fecha, datos del paciente, número de póliza y código de tratamiento según el baremo de cada entidad. Se emite normalmente con periodicidad mensual. Al ser factura a empresa, lleva retención de IRPF del 15% (o 7% en los primeros años). El IVA será exento si todas las sesiones facturadas tienen finalidad terapéutica.
¿Debo preocuparme ya por Verifactu si facturo poco?
Sí. La obligación no depende del volumen de facturación sino de ser autónomo con software de facturación. El plazo es el 1 de julio de 2027. Además, la Ley Crea y Crece (Ley 18/2022) prevé la factura electrónica obligatoria entre empresarios y profesionales, con reglamento publicado (RD 238/2026) pero fecha de aplicación pendiente de orden ministerial. Migrar ahora evita hacerlo con urgencia y con dos normativas simultáneas.
Haz el test de decisión
Responde a unas pocas preguntas sobre tu situación real — tipo de pacientes, volumen de sesiones, trabajo con mutuas — y te recomendamos la opción más ajustada de nuestro catálogo.
Esto es información general, no asesoramiento fiscal. Consulta con un asesor fiscal o con la Agencia Tributaria (AEAT) para cuestiones específicas. Referencias legales basadas en fuentes oficiales del BOE y la AEAT verificadas a fecha de actualización.